S3-classes-as-S4-classes.R normarg-utils.R replaceSlots.R
append.R as.data.frame.R as.list.R as.vector.R cbind.R
do.call.R duplicated.R eval.R Extremes.R funprog.R get.R grep.R
is.unsorted.R lapply.R lengths.R mapply.R match.R nrow.R
order.R paste.R rank.R rep.R row_colnames.R sets.R sort.R
start.R subset.R table.R tapply.R unique.R unlist.R unsplit.R
relist.R boxplot.R image.R density.R IQR.R mad.R residuals.R
weights.R xtabs.R clusterApply.R annotation.R combine.R
dbconn.R dge.R fileName.R normalize.R organism_species.R
plotMA.R plotPCA.R score.R strand.R updateObject.R
testPackage.R test_BiocGenerics_package.R zzz.R

Provides user interface and database connection code
    for annotation data packages using SQLite data storage.

Herve Pages, Marc Carlson, Seth Falcon, Nianhua Li

R (>= 2.7.0), methods, utils, stats4, BiocGenerics (>=
0.15.10), Biobase (>= 1.17.0), IRanges

methods, utils, DBI, RSQLite, stats4, BiocGenerics, Biobase,
S4Vectors, IRanges

DBI (>= 0.2-4), RSQLite (>= 0.6-4), hgu95av2.db, GO.db,
org.Sc.sgd.db, org.At.tair.db, KEGG.db, RUnit,
TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene, hom.Hs.inp.db, org.Hs.eg.db,
reactome.db, AnnotationForge, graph, BiocStyle, knitr

00RTobjs.R unlist2.R AllGenerics.R AllClasses.R FlatBimap.R
SQL.R AnnDbObj-lowAPI.R Bimap.R GOTerms.R BimapFormatting.R
Bimap-envirAPI.R flatten.R methods-AnnotationDb.R
methods-SQLiteConnection.R methods-geneCentricDbs.R
methods-ReactomeDb.R methods-Inparanoid.R methods-Inparanoid8.R
loadDb.R createAnnObjs-utils.R createAnnObjs.NCBIORG_DBs.R
createAnnObjs.NCBICHIP_DBs.R createAnnObjs.ORGANISM_DB.R
createAnnObjs.YEASTCHIP_DB.R createAnnObjs.COELICOLOR_DB.R
createAnnObjs.ARABIDOPSISCHIP_DB.R createAnnObjs.MALARIA_DB.R
createAnnObjs.YEAST_DB.R createAnnObjs.YEASTNCBI_DB.R
createAnnObjs.ARABIDOPSIS_DB.R createAnnObjs.GO_DB.R
createAnnObjs.KEGG_DB.R createAnnObjs.INPARANOID_DB.R
createAnnObjs.PFAM_DB.R AnnDbPkg-templates-common.R
AnnDbPkg-checker.R print.probetable.R makeMap.R inpIDMapper.R
test_AnnotationDbi_package.R